Kiedy Kreutzwald triumfalnie postawił stopę na terytorium Setosów, ci powiedzieli mu, że są ludem wiejskim, ale modlą się do rosyjskiego boga. Prawosławie, którego wczesna misja dotknęła Setomaa prawdopodobnie już w XI-XII wieku, było jednym z fundamentów tożsamości Seto. Nawet dziś Setomaa jest pokryta siecią kościołów i duchownych, festiwali kościelnych i kapłanów wiejskich struktury czasu Seto ludzi żyjących zarówno w tradycyjnych obszarach Seto i miast. Historycznie to właśnie kultura prawosławna wyznaczyła granicę między podobnymi językowo sąsiadami z Võrumaa a Seto. Sąsiadujący z nimi luteranie byli przez Setosów określani w sposób uwłaczający jako “mnisi”, co nawiązywało już do dawnych uprzedzeń wobec niewierzących. Estończycy z kolei mówili o “rosyjskiej wierze” Seto, co Strona główna również często miało negatywne konotacje. Ich rosyjscy sąsiedzi, którzy historycznie należeli do tych samych parafii co Setowie, nazwali ich półreligijnymi – najwyraźniej zrażając się zarówno ich słabą znajomością języka rosyjskiego, jak i odmiennymi praktykami religijnymi.
Kościół św. Mikołaja w Irbosce, w bezpośrednim sąsiedztwie osad Seto, jest odnotowany na piśmie z 1340 r., ale uważa się, że istniał tam już w XII, a nawet XI w. W 1473 r. powstał klasztor Petseri, którego wpływ na kulturę Seto był niezmierzony – Petseri, w sercu Setomaa, było zarówno stolicą, jak i centrum religijnym Seto. Ponadto wielu chłopów z Seto było związanych ekonomicznie z klasztorem, gdyż posiadał on dużą ilość ziem na terytorium Seto. Obecnie kościoły Seto w Petserimie podlegają jurysdykcji Patriarchatu Moskiewskiego, a zgromadzenia Seto po stronie estońskiej – Patriarchatu Konstantynopola (dla Seto mieszkających w mieście sprawy są bardziej zagmatwane – nie ma w ogóle zgromadzeń stricte Seto). Mimo że prawosławne kościoły Moskwy i Konstantynopola są ze sobą w nieprzyjaźni, Setowie uważają kościoły obu patriarchatów, których zgromadzenia tradycyjnie składają się z Setosów, za “swoje” – na przykład Setowie mieszkający w Republice Estonii, odwiedzając Petseri, zawsze odwiedzają cerkiew Warwary, jeśli jest to rodzinna tradycja. Starożytne tradycje i praktyki religijne próbuje się kontynuować niezależnie od granic kościelnych czy państwowych.
Ortodoksja odróżniła Seto od podobnych językowo katolików i późniejszych luteran. Choć językowo bardzo bliscy (współczesne językoznawstwo uważa, że plemiona południowej Estonii, czyli m.in. Seto i Võro-Czechy, wyodrębniły się z pierwotnego języka zachodnich Finów wcześniej niż północni Estończycy i Finowie), Seto z początku XX wieku i ich luterańscy sąsiedzi bardzo różnili się pod względem wykształcenia czy sytuacji społeczno-ekonomicznej. O ile pod koniec XIX wieku rosyjskojęzyczna sieć szkolna na terenach osadnictwa Seto była jeszcze stosunkowo nieliczna, a wskaźnik alfabetyzacji wśród Seto wynosił zaledwie 0,6%-0,9%, o tyle alfabetyzacja w okręgu Võru była już wtedy stosunkowo powszechna. Chociaż odsetek osób piśmiennych w Setomaa wzrósł na początku XX wieku, różnica w stosunku do Võru była nadal bardzo duża – w 1926 roku w okręgu Võru 90% ludności w wieku 15 lat i więcej było piśmiennych, podczas gdy w Setomaa wskaźnik piśmienności wynosił tylko 44%.
Setos na Syberii i w Rosji
Pod koniec XIX wieku i w pierwszej dekadzie XX wieku wiele rodzin wyemigrowało z przeludnionych i zubożałych osad Seto we wschodniej Syberii do ówczesnej guberni jenisejskiej (obecnie Kraj Krasnojarski), a także do innych regionów Imperium Carskiego. Dokładna liczba emigrantów nie jest znana, ale według Augusta Nigola, który badał osadnictwo estońskie, na Syberii osiedliło się 5-6 tys. Seto. Ponieważ emigracja Seto na Syberię miała miejsce w czasach, gdy większość z nich była niepiśmienna, komunikacja z ojczyzną była utrudniona i w większości przypadków szybko ustała.
W późniejszym okresie w utrzymaniu kontaktów pisemnych przeszkadzał im również fakt, że ich rodziny kształciły się w języku estońskim, natomiast diaspora Seto, która uczyła się w rosyjskojęzycznych szkołach, przyzwyczajona była do pisania cyrylicą. Podczas badań terenowych w syberyjskich wioskach Seto w 2007 i 2008 roku stwierdziliśmy, że większość Seto, którzy wyemigrowali na Syberię, do XXI wieku straciła kontakt ze swoimi krewnymi w ojczyźnie.
Dzisiejsi syberyjscy Seto potrafią powiedzieć nazwy miejscowości, z których wyemigrowali ich dziadkowie, ale te dziwnie brzmiące nazwy i oddalone o tysiące kilometrów małe miejscowości nie mają dla nich specjalnego znaczenia, bo nigdy tam nie byli. Potomkowie Seto zamieszkujący syberyjskie wioski nie zapomnieli jednak języka, pieśni i zwyczajów swoich przodków.